Sau Thời kỳ Nhiễu nhương, nhà thờ và đất nước khánh kiệt, không tìm đâu được nguồn tài chính để tiếp tục công việc xây dựng nữa. Giới thương gia giàu có ở Yaroslavl, bên bờ sông Volga, đã nghĩ ra một sáng kiến. Trong thế kỷ 17, họ xây dựng nhiều nhà thờ mới, dạng như nhà thờ chính tòa, có năm mái vòm hình củ hành, bao quanh là các tháp chuông mái lều và gian bên. Ban đầu, bố cục nhà thờ như vậy trông rõ ràng bất cân xứng, trong đó các thành phần tự cân bằng lẫn nhau theo nguyên tắc "tỷ lệ-rầm xà" (scale-beam) (ví dụ như Nhà thờ Elijah Nhà tiên tri | Church of Elijah the Prophet,1647-1650). Về sau, các nhà thờ ở Yaroslavl lại trở nên cực kỳ cân xứng, với các mái vòm vươn cao hơn bản thân công trình, và được trang trí bằng ngói nhiều màu sắc (ví dụ như Nhà thờ John Kim khẩu bên bờ sông Volga | Church of John the Chrysostom, 1649-1654). Đỉnh cao kiến trúc vùng Volga là Nhà thờ Thanh John Tẩy giả (Church of St John the Baptist), xây năm 1671-1687 - công trình lớn nhất ở Yaroslavl, với 15 mái vòm và hơn 500 bức bích họa. Tường gạch bên ngoài của nhà thờ này, kể từ vòm cupola xuống đến gian nhà che cửa chính (porch) vươn cao, được chạm trổ và trang trí bằng gạch ngói rất công phu.

Nhà thờ Moskva thế kỷ 17 cũng được trang trí vô cùng cầu kỳ, nhưng kích thước nhỏ hơn nhiều. Đầu thế kỷ này, người Moskva vẫn ưa kết cấu mái lều. Công trình khiến họ tự hào là Nhà thờ Thăng thiên "Thần diệu" ("Miraculous" Assumption Church) ở Uglich (1627): ba mái lều xinh đẹp đứng thành một hàng, gợi lên hình ảnh ba cây nến đang rực cháy. Bố cục như vậy tiếp tục được áp dụng cho Nhà thờ Hodegetria (Hodegetria Church) ở Vyazma (1638) và Nhà thờ Thánh đản (Nativity Church) ở Putinki, Moskva (1652). Cho rằng những công trình này đi ngược lại với phong cách Byzantine truyền thống, Thượng phụ Nikon tuyên bố chúng "phản quy chuẩn của giáo hội". Ông khuyến khích xây những công trình trau chuốt dùng làm nơi tăng lữ cư trú (như Kremlin Rostov bên bờ hồ Nero, có năm nhà thờ vươn cao, nhiều tháp, điện và buồng). Nikon tự thiết kế một nơi cư trú mới dành cho mình ở Tu viện Tân Jerusalem, tại đây nổi bật với một nhà thờ hình vòm (rotunda) - công trình đầu tiên theo phong cách này ở Nga.

Kể từ khi kiến trúc mái lều bị cấm, kiến trúc sư Moskva phải thay thế bằng kiểu đặt liên tiếp các hàng vòm cung nhọn - corbel arch (gọi là kokoshnik), yếu tố trang trí này trở thành con dấu xác nhận cho phong cách đầy hào nhoáng ở Moskva trong thế kỷ 17. Một trong những ví dụ đầu tiên của phong cách này là Nhà thờ Kazan trên Quảng trường Đỏ (1633-1636). Cuối thế kỷ 17, hơn 100 nhà thờ theo phong cách đã được xây dựng ở Moskva, và có lẽ nhiều không kém ở vùng lân cận. Trong số những ví dụ tiêu biểu có các nhà thờ Chúa Ba ngôi thần thánh ở Nikitniki (churches of the Holy Trinity, 1653), Nhà thờ Thánh Nicholas ở Khamovski (1682) và Nhà thờ Chúa Ba ngôi thần thánh ở Ostankino (1692). Có thể nói công trình mang tính đại diện nhất cho phong cách này là Nhà thờ Thánh Nicholas "Đại Thập tự" (Church of St Nicholas (the "Grand Cross") ở Kitai-gorod, đã bị tàn phá không thương tiếc theo lệnh của Stalin.

Khi kiến trúc Nga lùi dần về hướng thuần trang trí, kiến trúc Nga cũng bị ảnh hưởng với phong cách Baroque Ba Lan và Ukraina. Các nhà thờ Baroque đầu tiên chỉ là những công trình nhỏ xây trên lãnh địa gia tộc Naryshkin gần Moskva, vì thế thuật ngữ Baroque Naryshkin thường được dùng để chỉ phong cách này. Một số nhà thờ trong số đó giống như ngọn tháp, với các tầng hình lập phương và hình bát giác, đặt trên đỉnh nhau (Nhà thờ Chúa cứu thế | Savior Church ở Ubory, 1697). Số khác có kết cấu dạng chiếc thang, với một tháp chuông vươn cao hơn bản thân nhà thờ (Nhà thờ Intercession ở Fili, 1695). Dạng thức trang trí theo phong cách Baroque và flamboyant quá cầu kỳ đến độ trông nhà thờ hệt như một tác phẩm của thợ kim hoàn chứ không phải của thợ nề nữa (ví dụ, Nhà thờ Chúa Ba ngôi ở Lykovo, 1696). Có lẽ ví dụ đẹp đẽ nhất của phong cách Baroque Naryshkin là Nhà thờ Thăng thiên (Assumption Church) nhiều mái vòm trên đường Pokrovka, Moskva (xây 1696-1699, phá năm 1929). Giới kiến trúc sư theo phong cách này cũng là những người đã trùng tu một số công trình tu viện ở Moskva theo kiểu dùng hai màu đỏ và trắng, tiêu biểu là nữ tu viện Novodevichy và tu viện Donskoy.

Phong cách Baroque nhanh chóng lan khắp nước Nga, thay thế dần những kiểu dáng truyền thống và kiến trúc quy chuẩn của giáo hội. Thương nhân Stroganov tài trợ việc xây dựng các công trình Baroque đầy uy nghiêm ở Nizhny Novgorod (Nhà thờ Thánh đản | Nativity Church, 1703) và vùng lãnh nguyên xa xôi (Nhà thờ Presentation | Presentation Cathedral ở Solvychegodsk, 1693). Trong những thập kỷ đầu thế kỷ 18, một số nhà thờ Baroque nổi bật được xây dựng ở những thành phố miền Đông như Kazan, Solikamsk, Verkhoturye, Tobolsk và Irkutsk. Một điều đáng chú ý là những nhà thờ bằng gỗ truyền thống được thợ mộc vùng Bắc Nga xây cất. Không cần búa và đinh tán, họ vẫn dựng nên những công trình kỳ lạ như Nhà thờ Chuyển cầu (Intercession Church) 24 mái vòm ở Vytegra (xây năm 1708, cháy năm 1963) và Nhà thờ Biến hình (Transfiguration) 22 mái vòm ở Kizhi (1714).